Die Signale, welche durch die Methode der Microarrays für das gene expression Profiling erhält, werden durch eine spezielle Spot finding Software dargestellt. Die Signale müssen manuell durchgesehen werden, um beispielsweise mögliche Verunreinigungen auszuschließen. Dann wird durch die Software der Median aus dem Signal der Kontrolle und des Experiments errechnet. Dies gibt einen ersten Hinweis daraus, ob das jeweilige Gen herauf- oder herabreguliert wird. Beim Scannen des Microarrays wird darauf geachtet, dass die Intensitäten durch das richtige Einstellen der Laser ähnlich stark ist. Da dies aber niemals 100 %ig ist, müssen die Daten normalisiert werden, damit die Fluoreszenz Signale der Kontrolle und des Experiments verglichen werden können. Ein weiteres Programm namens SAM (Significant Analysis of Microarrays) dient dann dazu die Mediane aller Messungen eines Gens zu vergleichen und festzustellen, ob es sich um einen signifikanten Wert handelt. Zudem gibt dieses Programm Auskunft über die Gene, welche eine Änderung der Genexpression aufweisen. Durch dieses Programm wird als Ergebnis der Auswertung der Microarray Messdaten eine Tabelle erstellt. Diese beinhaltet Gene, welche eine signifikante Änderung der Genexpression aufweisen, der Signifikanz für jedes Gen, die Änderung der Genexpression und eine Nummer für das jeweilige Gen. Bei dieser Änderung der Genexpression muss der Wissenschaftler jedoch eine Grenze ziehen, bei der die Rate der Änderung der Genexpression nicht mehr mit anderen Methoden gemessen werden kann. Diese werden dann aus der weiteren Analyse ausgeschlossen.